Для некоторых запросов такие разделы как Новости, Объявления и т.п. попадают в "верстку" страниц, создаваемых скриптом.
Это приводит к увеличению страниц с результатами в два раза.
Если разделы Картинки и Видео приемлемы в большинстве случаев (хотя их тоже можно прятать), то всё остальное желательно удалять, т.к. всегда можно перейти к нужным разделам просто нажав на соответствующий пункт под строкой поиска.
Примеры раздутых результатов с дополнительными разделами:

• лишний раздел Новости
• лишний раздел Объявления

Нормальный результат: без ненужных разделов

Скрипт просто добавляет CSS на страницу Яндекса, не анализируя содержимого.

Тогда проблемы нет.
Хотя раньше я такого не наблюдал.